水洗式，将收获的果实倒入水槽中，去掉漂浮物，将水中的果实移至果肉去除机内，剥离外皮和果肉，然后再放回水槽，除去漂浮物，将水中"果核"倒入发酵槽，浸泡半天或一天，除去发酵豆表面的胶体，水洗，晒干或机械干燥，在脱壳机上脱除内果皮，即成商品生咖啡豆了。

　　
水洗式的优点：咖啡豆光泽好，混入异物少，酸味稍好些。哥伦比亚、墨西哥、危地马拉等国采用这种方法。用水洗式生产的咖啡豆几乎占咖啡豆总产量的70%。

　　
有时发酵时间处理不好会产生发酵臭和特殊的酸味;处理得好，可形成咖啡豆个性化的香味。这时的咖啡豆，已可装入麻袋送到各地，或装入特殊的集装箱漂洋过海了。

咖啡树的第一次花期约为树林3～4年，花呈白色，浓密而成串的长在咖啡树的第二枝，花瓣5～6瓣，香味极浓，果实为核果，直径1.5厘米，最初呈绿色，成熟后转为红色，与樱桃树的种子，这两颗咖啡豆各以其平面的一边面对直立在果实内，每个咖啡豆都为一层薄薄的外膜所乌黑，此膜被称为Silverskin。其外层又被覆着一层黄色外皮，称为Parchment。整个咖啡直则被包理在粘质浆状物中，形成咖啡果内，果内软且带着甜味，最外层则为外壳