在云南，这一工序主要通过自然发酵来完成。发酵这一术语并非100%准确，因为在咖啡豆内部并没有发生生物化学反应。将这一工序称为利用生物化学反应或水解去除粘液更为贴切一些。这一反应是由咖啡浆果中天然存在的酶引起的。
发酵的时间从6小时到72小时不等，这取决于温度、粘液量以及消化酶的浓度等条件。将咖啡置入发酵罐中直到粘液完全被分解就可以对咖啡豆进行清洗了。
保证咖啡质量的关键是要在正确的时间终止发酵，因为发酵过度会导致出现所谓的臭咖啡豆。如果发酵不足或过慢，就会产生丁酸或丙酸，这两种酸都会对咖啡的质量产生不利的影响。
发酵后的带皮咖啡需要在发酵工序完成后立即进行清洗以终止这一工序。但在去除粘液之后以及进行清洗之前可能要用清水将带皮咖啡浸泡12到24小时，以减轻咖啡饮料中的苦涩味道
水洗法也称湿处理法::咖啡采摘后 12个小时内通过果肉分离机将咖啡果外层的果肉去除后，把咖啡豆放在一个很大的盛满水的水泥槽内浸泡，把果实分离，然后将咖啡豆被贴存在发酵箱里大约12-36个小时，经过发酵处理后含有15%的水份，用干净的水将发酵过的咖啡豆洗干净，将咖啡豆放在干燥机里烘干或在阳光下晒干，这时的咖啡豆被称为“羊皮纸咖啡豆”，等待出口。
鲜果--泡软--去外果皮--将带果肉的咖啡果放在发酵池发酵--用水冲洗果肉胶质--将带有内果皮的咖啡果晒干--用去皮机去除内果皮--抛光种皮--咖啡生豆
优点：咖啡豆质量稳定 ，色泽较美，且杂质也较少
缺点：加工成本过高，需大量的水。
注：一般用于较质量高的阿拉比卡咖啡豆，如蓝山、哥伦比亚、墨西哥、危地马拉等
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2016-12-12 13:55:03
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